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Les Bardenas Reales comptent également 28 espèces différentes de mammifères, dont huit sont des micro-mammifères, comme les musaraignes, les loirs et les rats, et neuf sont des chauves-souris. Les autres sont des hérissons, des belettes, des putois, des martres, des blaireaux, des renards, des chats sauvages, des genettes, des lapins, des lièvres ibériques et des sangliers.
Parmi les oiseaux, il convient de souligner qu’il s’agit de l’endroit de Navarre où la plupart des espèces aquatiques passent l’hiver. Outre les vautours, l’aigle royal, le percnoptère, le grand-duc et d’autres grands rapaces, on trouve également des oiseaux des steppes comme le tadorne commun, le traquet motteux, l’alouette lulu et l’outarde barbue.
Parmi les nombreuses espèces d’invertébrés, deux groupes se distinguent : les escargots, dont douze espèces ont été répertoriées, et les crabes. Les zones aquatiques sont habitées par des poissons, des amphibiens et des reptiles. Sur les huit espèces de poissons existantes, seuls le barbeau, la madrague et l’anguille sont autochtones. Parmi les amphibiens, les anoures et le triton se distinguent. Enfin, jusqu’à dix espèces de reptiles sont répertoriées, dont la tortue lépreuse et les différentes espèces de sauriens et d’ophidiens, dont la vipère à nez retroussé.
L’intérêt botanique de la flore et de la faune de la Bardenera est lié au climat unique de la dépression de l’Ebre et a mérité d’être inclus dans l’inventaire national des habitats, établi en vertu de la directive 92/43/CEE du 21 mai sur les habitats.