De las numerosas especies de invertebrados destacan dos grupos: caracoles, de los que se han catalogado doce especies, y cangrejos. En las zonas acuáticas habitan los peces, los anfibios y los reptiles. De las ocho especies de peces que exisen, tan sólo el barbo, la madrilla y la anguila son autóctonas. Entre los anfibios destacan los anuros y el tritón. Y, por último, se enumeran hasta diez especies de reptiles, entre las que destacan el galápago leproso y las diferentes especies de saurios y de ofidios, entre las que se encuentra la víbora hocicuda.
Entre las aves, cabe destacar que éste es el punto de Navarra donde más especies acuáticas pasan la invernada. Además de buitres, águilas reales, alimoches, búhos reales y otras rapaces de envergadura, hay que destacar la presencia de aves esteparias como la terrera común, la collalba gris, la calandria, la alondra y la avutarda.
En las Bardenas Reales también existen 28 especies diferentes de mamíferos, de las cuales, ocho corresponden a micromamíferos, como musarañas, lirones y ratas, y nueve a murciélagos. El resto corresponden al erizo, a la comadreja, al turón, a la garduña, al tejó, al zorro, al gato montés, a la gineta, al conejo, a la liebre ibérica y al jabalí.
El interés botánico de la flora bardenera, así como de la fauna, está relacionado con la singularidad climática de la depresión del Ebro, y ha merecido figurar en el Inventario Nacional de Hábitats, elaborado al amparo de la Directiva 92/43, CEE, de 21 de mayo, de Hábitats.
